Atribuţiile de bază ale Agenţiei Naționale pentru Cercetare și Dezvoltare sunt:
1) implementează politica statului conform planurilor de acţiuni aprobate de Guvern în vederea realizării Programului naţional în domeniile cercetării, inovării şi dezvoltării, precum şi a strategiilor sectoriale;
2) administrează bugetul aprobat pentru finanţarea proiectelor, potrivit cadrului normativ;
3) gestionează fonduri naţionale în domeniul dezvoltării şi fonduri din programe bilaterale şi multilaterale lansate în cadrul acordurilor de cooperare cu organizaţii şi fundaţii internaţionale, conform actelor normative ale Guvernului;
4) organizează şi desfăşoară concursuri de proiecte, inclusiv asigură expertizarea şi evaluarea independentă a proiectelor înaintate la concursuri, în scopul distribuţiei fondurilor publice alocate pentru finanţarea proiectelor;
5) selectează pentru finanţare, în limitele bugetului aprobat şi conform planului de acţiuni aprobat de Guvern, proiectele prezentate la concurs, în urma evaluării efectuate de cercetători locali şi/sau străini, potrivit metodologiei de finanţare a proiectelor aprobate de Guvern;
6) organizează şi asigură contractarea proiectelor declarate cîştigătoare;
7) monitorizează implementarea proiectelor şi prezintă anual Guvernului rapoarte privind realizarea acestora;
8) recepţionează rapoartele ştiinţifice de implementare a proiectelor de cercetare finanţate, însoţite de avizul consultativ asupra acestora, discutat public şi emis de secţia de ştiinţe respectivă a Academiei de Ştiinţe a Moldovei;
9) creează, menţine şi acordă acces publicului larg la baze de date în domeniile cercetării, inovării şi dezvoltării, inclusiv baze de date naţionale ale cercetătorilor naţionali şi internaţionali care participă la evaluarea proiectelor, baze de date naţionale cu toate componentele materiale ale infrastructurii publice din domeniile cercetării, inovării şi dezvoltării şi echipamentul specializat aferent;
10) promovează interesele statului asupra obiectelor proprietăţii intelectuale rezultate în cadrul proiectelor selectate pentru finanţare;
11) organizează selectarea prin concurs a administratorilor parcurilor ştiinţifico-tehnologice şi ai incubatoarelor de inovare;
12) monitorizează activitatea parcurilor ştiinţifico-tehnologice şi a incubatoarelor de inovare în care rezidenţii implementează proiecte de inovare şi transfer tehnologic, precum şi activitatea administratorilor acestora;
13) facilitează realizarea parteneriatului dintre organizaţiile din sfera ştiinţei, inovării şi dezvoltării şi agenţii economici cu capital public sau privat;
14) atrage mijloace private destinate realizării proiectelor de cercetare şi inovare, a proiectelor de dezvoltare experimentală, inovare şi transfer tehnologic, desfăşurării activităţii parcurilor ştiinţifico-tehnologice şi incubatoarelor de inovare, creării şi dezvoltării infrastructurii acestora;
15) organizează expoziţii, seminare, workshopuri şi mese rotunde în scopul promovării realizărilor din sfera cercetării, inovării şi dezvoltării;
16) oferă asistenţă comunităţii ştiinţifice, promovează cooperarea în domeniile cercetării, inovării şi dezvoltării la nivel naţional şi internaţional şi desfăşoară activităţi aferente acestora;
17) elaborează, aprobă şi administrează bugetul în conformitate cu principiile, regulile şi procedurile stabilite de Legea finanţelor publice şi responsabilităţii bugetar-fiscale nr.181 din 25 iulie 2014;
18) asigură evaluarea independentă a propunerilor de proiecte internaţionale, finanţarea şi monitorizarea implementării acestora, sistematizează rezultatele obţinute;
19) desfăşoară activităţile aferente participării Republicii Moldova în cadrul programelor şi proiectelor UE pentru cercetare, inovare şi dezvoltare, inclusiv activităţi de informare, instruire şi promovare, în modul prevăzut de actele normative;
20) deleagă reprezentanţi pentru desfăşurarea activităţilor aferente participării Republicii Moldova în domeniile cercetării, inovării şi dezvoltării prin instrumentele programelor internaţionale;
21) participă la negocierile interguvernamentale ce ţin de domeniile cercetării, inovării şi dezvoltării;
22) aprobă instrucţiuni şi metodologii în chestiunile ce ţin de organizarea activităţii;
23) alte atribuţii care decurg din prevederile cadrului normativ.